El proyecto ALGADIET

Uno de los principales retos a los que se enfrenta la acuicultura en la actualidad es el diseño de piensos para la alimentación acuícola que sean sostenibles y respetuosos con el medio ambiente.

La composición de estos piensos debe permitir reducir la dependencia de la disponibilidad de aceites y harinas de pescado, de manera que proporcionen no solo los nutrientes necesarios para el desarrollo óptimo de los animales sino también los ingredientes funcionales que mejoren su estado de salud. En este sentido, la sustitución de harinas y aceites de pescado por harinas de micro y macroalgas es una opción muy interesante; no solo por su alto contenido en proteínas, aminoácidos esenciales y ácidos grasos poliinsaturados, sino también por la presencia de otros compuestos que les confieren un papel adicional como ingrediente funcional para piensos.

El objetivo general del proyecto ALGADIET (Desarrollo y optimización de nuevos piensos funcionales basados en la sustitución de harinas de pescado por micro y macroalgas para el engorde de rodaballo) ha consistido en el desarrollo y optimización de nuevos piensos funcionales basados en la sustitución parcial de la harina y el aceite de pescado por harinas procedentes de biomasas de micro y macroalgas para su utilización en el crecimiento de alevines de rodaballo, en las primeras etapas de su engorde.

Si quieres conocer más sobre este proyecto visita nuestras RRSS:

• TWITTER: @ALGADIET
• FACEBOOK
• YOUTUBE

Este proyecto ha sido desarrollado por el Instituto Español de Oceanografía, en sus Centros de Gijón y la Planta de Cultivos de El Bocal (Santander), con la colaboración de la Universidad de Cádiz, Cantabria y Málaga, durante el año 2019 y hasta febrero del 2020.

Ha sido cofinanciado por el FEMP, por la Fundación Biodiversidad, del Ministerio para la Transición Ecológica y el Reto demográfico, a través del Programa pleamar, en su convocatoria del 2018.

Hola lector/a de mi blog!!!

Este mes estoy asistiendo a un curso del INAP que se titula «Fundamentos sobre la igualdad entre hombres y mujeres», y entre las tareas que nos han asignado esta la de la creación de un Diario de Aprendizaje. Y aquí estoy escribiendo la primera entrada de este diario.

Si ya has visto el nombre de mi blog y las entradas que hay en él, podrás imaginar cuál puede ser mi profesión. Pero antes déjame que me presente: me llamo Alma y vivo desde hace más de 20 años en Asturias, ahora en Gijón aunque también he vivido en Oviedo. Nací en Valladolid (soy Pucelana), donde estudié Ciencias Químicas en mi querida Facultad de Ciencias.

Hice mi doctorado ya en Asturias y posteriormente aprobé como Auxiliar de laboratorio de OPIs (Organismos Públicos de Investigación). Poco a poco he ido promocionando y en la actualidad trabajo como Científica Titular de OPIs en el Instituto Español de Oceanografía (IEO), de ahí algunas de las ilustraciones de mi Blog. 

Nuestro grupo de investigación trabaja principalmente en Acuicultura Marina, aunque también trabajamos en el estudio del Medio Marino empleando herramientas moleculares (como por ejemplo la qPCR cuyo fundamento y funcionamiento que estoy explicando en mis entradas). En estos momentos estamos mejorando los piensos que les damos a los peces de cultivo, a los que añadimos algas y reducimos la cantidad harinas y aceites de pescado que contienen, de esta manera conseguimos unos piensos que son sostenibles y más respetuosos con el medio ambiente. Además de mejorar los piensos también buscamos que la salud de los peces sea la óptima, lo que les permitirá crecer mucho mejor y aumentar su resistencia a cualquier enfermedad que puedan tener, así usaremos también menos antibióticos para su cultivo. Además de las algas también  mejoramos su salud añadiendo probióticos. Si, has leído bien, igual que los humanos los peces también pueden beneficiarse de esos microorganismos que denominamos probióticos. 

Si quieres saber más del proyecto que hemos realizado el año pasado (ALGADIET) y el que hemos comenzado éste (ALGADIET II) te invito a visitar nuestras RRSS:

• Twitter: @ALGADIET
• Youtube
• Facebook 

Siempre he sido una persona muy inquieta, y me gusta mucho aprender cosas nuevas . En este aspecto creo que el curso «Fundamentos sobre la igualdad entre hombres y mujeres» del INAP, puede aportarme una visión de lo que realmente significa la igualdad de género, olvidando esos mitos que circulan. También me gustaría saber cómo ha sido su evolución histórica, puesto que tener un conocimiento en perspectiva siempre es fundamental para poder contextualizar.

Desde hace tiempo estoy implicada en la divulgación científica. Participo activamente en dando charlas a colegios, institutos y público en general, acercando la investigación a la ciudadanía y poniendo en valor la importancia que tiene la Investigación para la Sociedad.

Finalmente, me gustaría deciros que en nuestro organismo también tenemos actividades para fomentar la igualdad entre hombres y mujeres y sobre todo reconocer el papel de la mujer en la ciencia. Os invito a visitar la web del proyecto Oceánicas en el que queremos hacer visible el papel que ha jugado y está jugando la mujer en la investigación en oceanografía, a la vez que nos gustaría fomentar el espíritu científico y crítico a las niñas de nuestra sociedad.
También participamos todos los años en las actividades del «Día mundial de la mujer y la niña en la ciencia», que se celebran el 11 de febrero, dando charlas en colegios e institutos de nuestra provincia, para hablarles a las niñas sobre nuestra vocación científica, y demostrarlas que nosotras podemos estudiar y trabajar en áreas de conocimiento relacionadas con la ciencia, la tecnología, ingeniería y matemáticas, las famosas STEM (Science, Technology, Engineering and Mathematics).

Nos vemos!!

Termociclador

Los instrumentos que se utilizan para la técnica de PCR a tiempo real consisten en:

1. un termociclador,
2. un sistema óptico (para emitir y detectar fluorescencia),y
3. un sistema informático (hardware y software) para la adquisición y análisis de datos.

En la actualidad se disponen de un gran número de sistemas que difieren en su diseño y nivel de sofisticación. Las diferentes opciones a las que podemos optar a la hora de su elección son, entre otras:

• formato de los pocillos de reacción,
• longitudes de onda de emisión y excitación,
• tipo de química que se puede utilizar,
• software,
• rapidez,
• aplicaciones,
• etc.

Existen multitud de referencias bibliográfica que hacen unas muy buenas recopilaciones de todos estos equipos (como por ejemplo Logan J.M.J and Edwards K.J., An overview of PCR platfforms – En Real-time PCR: current technology and applications).

A continuación pasaremos a describir brevemente cada uno de los componentes de estos instrumentos.

Es el primer componente a considerar en un equipo de PCR a tiempo real. De hecho, una buena reacción de PCR dependerá de la precisión en la regulación de la temperatura en los pocillos de reacción y de la rapidez a la que se alcanzan las temperaturas programadas.

http://jblabsac.blogspot.com.es/2010/04/los-sensores-en-su-termociclador.htmlLa mayoría de los equipos utilizan tecnologías basadas en el enfriamiento-calentamiento mediante efecto Peltier (ver figura). Aunque también existen compañías que prefieren el uso de la tecnología patentada Therma-base, aire caliente, etc.

http://jblabsac.blogspot.com.es/2010/04/los-sensores-en-su-termociclador.html

Sistema óptico

Como es de esperar, es necesario un sistema fluorimétrico integrado en el equipo para detectar y monitorizar los niveles de fluorescencia durante la reacción de PCR. En este caso también existen varias opciones disponibles tanto para la fuente de emisión como para el sistema detección de fluorescencia.

Las fuentes de emisión que producen la excitación del fluoróforo pueden clasificarse en:

• lámparas de tungsteno o cuarzo-tungsteno: en este caso el equipo dispone de una serie de filtros que seleccionan la longitud de onda deseada. Si nuestro equipo dispone de este tipo de fuentes de emisión, y en el caso de usar varios fluoróforos a la vez, debemos elegir fluoróforos que tengan sus espectros de emisión muy separados.

http://blog.biosearchtech.com/TheBiosearchTechBlog/?Tag=Multiplexing%20qPCR

• diodos emisores de luz (LED) los equipos disponen de varios emisores LEDs que excitan a diferentes longitudes de onda, proporcionando una mayor selección de fluoróforos.
• láser.

En lo referente a los detectores utilizados se establecen para medir bandas estrechas del espectro, aunque algunos equipos permiten la posibilidad de añadir filtros que pueden ser personalizados por el usuario. El número de canales de detección que son efectivos depende de el rango de longitudes de onda de excitación disponible. 

A medida que la tecnología ha avanzado, se han ido desarrollando equipos de PCR a tiempo real de segunda, tercera y cuarta generación. Las mejoras consistían en el aumento de las capacidades de rendimiento y multiplexación. Por supuesto, las características ópticas de un equipo tienen un impacto directo en la capacidad de multiplexación y también en determinar qué sistema de sondas son compatibles. Es importante señalar que el equipo y la elección de la química fluorescente están fuertemente ligados. En efecto, algunos equipos están limitados al uso de un sistema de sondas en particular y mientras que la óptica del sistema son capaces de excitar y detectar diferentes químicas fluorescentes, a menudo el software que analiza los datos no lo está, y el usuario necesita exportar los datos a un programa de hojas de cálculo para un análisis más detallado.

Otras características

Muchas de las plataformas utilizan un formato de bloque estándar de 96 pocillos o bien uno intercambiable de 384 pocillos, que ofrecen un medio – alto rendimiento. El uso de utilizar un formato de bloque es que también pueden utilizarse placas estándar de PCR y tubos, que suelen ser mas baratos que los plásticos específicos para cada instrumento.

En lo referente al software, idealmete debe tener un entorno lo más amigable posible pero también es importante comprobar que es capaza de analizar completamente los resultados de la química fluorescente elegida. Como ya hemos mencionado, algunos equipos de PCR a tiempo real se encuentran limitados debido al uso de ciertas químicas fluorescentes. De hecho, algunos poseen un software específco para diseñar los primer y las sondas. Este software ayuda a simplicar y agilizar el proceso de diseño de los ensayos puesto que, está optimizado para un equipo y reactivos concretos.

Consideraciones finales

A la hora de tener en cuenta los pros y los contras de los diferentes equipos para su elección en un laboratorio, debemos tener en cuenta factores como: la química fluorescente que permiten utilizzar, la capacidad de multiplexación para esas químicas, el rendimiento, la flexibilidad, el formato, la robustez y facilidad de uso del software, la reproducibilidad, la rapidez, el tamaño, el soporte técnico, el soporte el usuario y finalmente, aunque no menos importante, el coste, no solo del equipamiento inicial sino también de los consumibles y reactivos. También sería deseable poder «probar antes de comprar», y ya algunas compañías lo tienen en cuenta.

Claramente, la PCR a tiempo real a tenido un desarrollo significativo en los últimos 15 años, dando lugar a una gran variedd de plataformas.

Termociclador

Los instrumentos que se utilizan para la técnica de PCR a tiempo real consisten en:

1. un termociclador,
2. un sistema óptico (para emitir y detectar fluorescencia),y
3. un sistema informático (hardware y software) para la adquisición y análisis de datos.

En la actualidad se disponen de un gran número de sistemas que difieren en su diseño y nivel de sofisticación. Las diferentes opciones a las que podemos optar a la hora de su elección son, entre otras:

• formato de los pocillos de reacción,
• longitudes de onda de emisión y excitación,
• tipo de química que se puede utilizar,
• software,
• rapidez,
• aplicaciones,
• etc.

Existen multitud de referencias bibliográfica que hacen unas muy buenas recopilaciones de todos estos equipos (como por ejemplo Logan J.M.J and Edwards K.J., An overview of PCR platfforms – En Real-time PCR: current technology and applications).

A continuación pasaremos a describir brevemente cada uno de los componentes de estos instrumentos.

Es el primer componente a considerar en un equipo de PCR a tiempo real. De hecho, una buena reacción de PCR dependerá de la precisión en la regulación de la temperatura en los pocillos de reacción y de la rapidez a la que se alcanzan las temperaturas programadas.

http://jblabsac.blogspot.com.es/2010/04/los-sensores-en-su-termociclador.htmlLa mayoría de los equipos utilizan tecnologías basadas en el enfriamiento-calentamiento mediante efecto Peltier (ver figura). Aunque también existen compañías que prefieren el uso de la tecnología patentada Therma-base, aire caliente, etc.

http://jblabsac.blogspot.com.es/2010/04/los-sensores-en-su-termociclador.html

Sistema óptico

Como es de esperar, es necesario un sistema fluorimétrico integrado en el equipo para detectar y monitorizar los niveles de fluorescencia durante la reacción de PCR. En este caso también existen varias opciones disponibles tanto para la fuente de emisión como para el sistema detección de fluorescencia.

Las fuentes de emisión que producen la excitación del fluoróforo pueden clasificarse en:

• lámparas de tungsteno o cuarzo-tungsteno: en este caso el equipo dispone de una serie de filtros que seleccionan la longitud de onda deseada. Si nuestro equipo dispone de este tipo de fuentes de emisión, y en el caso de usar varios fluoróforos a la vez, debemos elegir fluoróforos que tengan sus espectros de emisión muy separados.

http://blog.biosearchtech.com/TheBiosearchTechBlog/?Tag=Multiplexing%20qPCR

• diodos emisores de luz (LED) los equipos disponen de varios emisores LEDs que excitan a diferentes longitudes de onda, proporcionando una mayor selección de fluoróforos.
• láser.

En lo referente a los detectores utilizados se establecen para medir bandas estrechas del espectro, aunque algunos equipos permiten la posibilidad de añadir filtros que pueden ser personalizados por el usuario. El número de canales de detección que son efectivos depende de el rango de longitudes de onda de excitación disponible. 

A medida que la tecnología ha avanzado, se han ido desarrollando equipos de PCR a tiempo real de segunda, tercera y cuarta generación. Las mejoras consistían en el aumento de las capacidades de rendimiento y multiplexación. Por supuesto, las características ópticas de un equipo tienen un impacto directo en la capacidad de multiplexación y también en determinar qué sistema de sondas son compatibles. Es importante señalar que el equipo y la elección de la química fluorescente están fuertemente ligados. En efecto, algunos equipos están limitados al uso de un sistema de sondas en particular y mientras que la óptica del sistema son capaces de excitar y detectar diferentes químicas fluorescentes, a menudo el software que analiza los datos no lo está, y el usuario necesita exportar los datos a un programa de hojas de cálculo para un análisis más detallado.

Otras características

Muchas de las plataformas utilizan un formato de bloque estándar de 96 pocillos o bien uno intercambiable de 384 pocillos, que ofrecen un medio – alto rendimiento. El uso de utilizar un formato de bloque es que también pueden utilizarse placas estándar de PCR y tubos, que suelen ser mas baratos que los plásticos específicos para cada instrumento.

En lo referente al software, idealmete debe tener un entorno lo más amigable posible pero también es importante comprobar que es capaza de analizar completamente los resultados de la química fluorescente elegida. Como ya hemos mencionado, algunos equipos de PCR a tiempo real se encuentran limitados debido al uso de ciertas químicas fluorescentes. De hecho, algunos poseen un software específco para diseñar los primer y las sondas. Este software ayuda a simplicar y agilizar el proceso de diseño de los ensayos puesto que, está optimizado para un equipo y reactivos concretos.

Consideraciones finales

A la hora de tener en cuenta los pros y los contras de los diferentes equipos para su elección en un laboratorio, debemos tener en cuenta factores como: la química fluorescente que permiten utilizzar, la capacidad de multiplexación para esas químicas, el rendimiento, la flexibilidad, el formato, la robustez y facilidad de uso del software, la reproducibilidad, la rapidez, el tamaño, el soporte técnico, el soporte el usuario y finalmente, aunque no menos importante, el coste, no solo del equipamiento inicial sino también de los consumibles y reactivos. También sería deseable poder «probar antes de comprar», y ya algunas compañías lo tienen en cuenta.

Claramente, la PCR a tiempo real a tenido un desarrollo significativo en los últimos 15 años, dando lugar a una gran variedd de plataformas.

Como hemos mencionado en la entrada sobre la PCR (Reacción en cadena de la polimerasa (PCR, polimerase chain reaction) esta técnica nos permite amplificar un segmento de DNA de manera exponencial, ya que después de cada ciclo se duplica la cantidad de DNA que existe si la reacción tiene lugar a máxima eficiencia. Pero debido a múltiples factores, como son el agotamiento de los reactivos, la autohibridación de los productos, etc., se obtiene el llamado “efecto meseta” que nos impide calcular con exactitud la cantidad de DNA de partida midiendo la cantidad de producto final. Esta característica de la PCR convencional impulsó la necesidad de desarrollar la PCR a tiempo real (real time PCR, qPCR).

http://youtube.googleapis.com/v/kvQWKcMdyS4&source=uds

La tecnología qPCR está basada en la detección de una señal fluorescente producida durante la amplificación del DNA (ver vídeo). De esta manera, podemos detectar en qué momento durante el proceso de reacción se “detecta por primera vez” la amplificación del producto de PCR. Éste se determina identificando el número de ciclo en el cual la intensidad de la emisión fluorescente sobrepasa la florescencia del fondo. Este número de ciclo se denomina ciclo umbral o “threshold cycle” (Ct). El Ct se determina en la fase exponencial de la reacción de PCR y es inversamente proporcional al número de copias del blanco.

Como hemos mencionado en la entrada sobre la PCR (Reacción en cadena de la polimerasa (PCR, polimerase chain reaction) esta técnica nos permite amplificar un segmento de DNA de manera exponencial, ya que después de cada ciclo se duplica la cantidad de DNA que existe si la reacción tiene lugar a máxima eficiencia. Pero debido a múltiples factores, como son el agotamiento de los reactivos, la autohibridación de los productos, etc., se obtiene el llamado “efecto meseta” que nos impide calcular con exactitud la cantidad de DNA de partida midiendo la cantidad de producto final. Esta característica de la PCR convencional impulsó la necesidad de desarrollar la PCR a tiempo real (real time PCR, qPCR).

http://youtube.googleapis.com/v/kvQWKcMdyS4&source=uds

La tecnología qPCR está basada en la detección de una señal fluorescente producida durante la amplificación del DNA (ver vídeo). De esta manera, podemos detectar en qué momento durante el proceso de reacción se “detecta por primera vez” la amplificación del producto de PCR. Éste se determina identificando el número de ciclo en el cual la intensidad de la emisión fluorescente sobrepasa la florescencia del fondo. Este número de ciclo se denomina ciclo umbral o “threshold cycle” (Ct). El Ct se determina en la fase exponencial de la reacción de PCR y es inversamente proporcional al número de copias del blanco.

Leyendo la página web de Amazings he encontrado este vídeo. Es muy ilustrativo y en pocos minutos nos explican de maravilla qué es eso del Boson de Higgs. 

Espero que te guste tanto como a mi.

http://videos.lainformacion.com/ciencia-y-tecnologia/fisica/tres-minutos-para-entender-el-boson-de-higgs_NUdoQvMmFu8PvDNqZPOUu2/

Leyendo la página web de Amazings he encontrado este vídeo. Es muy ilustrativo y en pocos minutos nos explican de maravilla qué es eso del Boson de Higgs. 

Espero que te guste tanto como a mi.

http://videos.lainformacion.com/ciencia-y-tecnologia/fisica/tres-minutos-para-entender-el-boson-de-higgs_NUdoQvMmFu8PvDNqZPOUu2/

Acabo de redescubrir este clásico que me trae muy buenos recuerdos de mi infancia.

Podéis escucharlo en los siguientes enlaces:
Disco 1 cara A:
 http://www.goear.com/files/external.swf?file=8af1ee9
Disco 1 cara B:
 http://www.goear.com/files/external.swf?file=4cfd13e
Disco 2 cara A:
 http://www.goear.com/files/external.swf?file=949253d
Disco 2 cara B:
 http://www.goear.com/files/external.swf?file=90fce6f

Espero que lo disfrutéis tanto como yo.

Acabo de redescubrir este clásico que me trae muy buenos recuerdos de mi infancia.

Podéis escucharlo en los siguientes enlaces:
Disco 1 cara A:
 http://www.goear.com/files/external.swf?file=8af1ee9
Disco 1 cara B:
 http://www.goear.com/files/external.swf?file=4cfd13e
Disco 2 cara A:
 http://www.goear.com/files/external.swf?file=949253d
Disco 2 cara B:
 http://www.goear.com/files/external.swf?file=90fce6f

Espero que lo disfrutéis tanto como yo.